Priaznivá črevná mikroflóra môže byť negatívne ovplyvnená alebo znížená diétou s nízkym obsahom vlákniny, vysokým obsahom živočíšnych bielkovín, užívaním liekov, cestovaním a stresom atď. Výsledkom je disbióza (tj. narušenie črevnej mikroflóry) , ktorá môže negativ.